Nell'attuale ordinamento le funzioni del segretario comunale sono stabilite dall'articolo 97del TUEL, fra queste ricordiamo che:

• svolge compiti di collaborazione e funzioni di assistenza giuridico-amministrativa nei confronti degli organi dell´ente in ordine alla conformità dell´azione amministrativa alle leggi, allo statuto ed ai regolamenti;
• sovrintende allo svolgimento delle funzioni dei dirigenti e ne coordina l´attività;
• partecipa con funzioni consultive, referenti e di assistenza alle riunioni del consiglio e della Giunta e ne cura la verbalizzazione;;
• esprime il parere di regolarità tecnica sulle deliberazioni nel caso in cui l'ente non abbia personale qialificato;;
• può rogare tutti i contratti nei quali l'ente è parte ed autenticare scritture private ed atti unilaterali nell'interesse dell'ente;
• esercita ogni altra funzione attribuitagli dallo statuto o dai regolamenti, o conferitagli dal sindaco o dal presidente della provincia;
• esercita le funzioni di direttore generale qualora le siano attribuite con provvedimento del sindaco.

Il Segretario dipende contemporaneamente dall'Agenzia nazionale e dal Sindaco, ma da quest'ultimo solo in relazione alle funzioni svolte (dipendenza funzionale). Il Sindaco infatti, che procede alla sua nomina ad inizio mandato, ha il potere di revocarlo solo per violazione dei doveri d'ufficio.

Alla scadenza del mandato del Sindaco il successore può decidere, entro un breve termine di tempo previsto dalla legge, se confermare il Segretario in carica o sceglierne un altro tra gli iscritti all'Albo. Qualora non riconfermato, il Segretario può essere assegnato ad altri comuni o alla stessa Agenzia (che ha proprie sedi in ogni Regione).
 

• Programmazione e controllo sul regolare funzionamento delle Aree.
• Controlli interni.
• Potere sostitutivo.
• Nucleo di valutazione.
• Relazioni sindacali.
• Responsabile Anticorruzione e Trasparenza.
• Modulistica e direttive in materia di normativa
• Codice comportamento.
• Controlli amministrativi.
• Repertorio contratti.